多數微生物(除微球菌屬外)在低溫時對紫外線輻射是很敏感的, 因為在此條件下, 胸腺嘧啶二聚體的數量明顯減少,胸腺嘧啶光產物的累積將影響微生物的修復; 而且溫度變化還影響UVLED的強度。溫度過高或過低均會影響消毒效果, 一般溫度以20～ 40 ℃為宜, 也有人認為以10～ 25 ℃為宜。 

    濕度對紫外線殺菌的影響尚無一致看法。相對濕度在60%～ 70%以上,微生物的殺滅率急劇下降, 最適為40%～ 60% ,超過80% 甚至反有激活作用。相對濕度由33% 增至56% 時, 殺菌效能可減少到原有的1.3。 由于相對濕度高, 使空氣中顆粒增大, 在采樣時易于捕獲, 使殺菌效果呈表面上降低。相對濕度60%～ 70% 時, 空氣中細菌含水為30 g.100 g 菌體, 此量稱臨界含水量。所以當濕度高過960%-70%時，紫外線殺菌效率較低。

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